Penjaminan mutu dilakukan melalui implementasi manajemen mutu terpadu yang melekat pada struktur organisasi yang berlaku di Institut Pendidikan Tapanuli Selatan (IPTS). Pimpinan Institusi bertanggung jawab atas terbentuknya organisasi mutu dan terlaksananya penjaminan mutu. Penjaminan mutu di IPTS mencakup penjaminan mutu akademik (pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat) dan non-akademik. Oleh karena itu organisasi mutu harus disesuaikan dengan ruang lingkup tersebut. Di tingkat universitas, penjaminan mutu menjadi tanggung jawab Rektor, Senat Universitas dan pelaksanaannya dilakukan oleh Badan Penjaminan Mutu (BPM). (SK Rektor nomor 075/SK.RIPTS/I/VIII/2020)
Penekanan fungsi tiap level organisasi mutu seperti tersebut di atas berbeda, yaitu :
Tingkat Institusi : fungsi manajemen mutu terpadu
Tingkat Fakultas : fungsi penjaminan mutu
Tingkat Program Studi : fungsi pengendalian mutu
BPM IPTS memiliki visi “Terwujudnya budaya mutu di lingkungan IPTS guna mendorong tercapainya visi IPTS”
